עם הקמת המדינה וגלי העלייה הגדולים מאירופה, אסיה ואפריקה הקימה הממשלה במשך כעשור ישובים חדשים בדרום הארץ: עיירות פיתוח, קיבוצים ומושבים. אלה נוספו אל אחד עשר הקיבוצים שהוקמו באוקטובר 1946 על ידי הסוכנות היהודית במסגרת 'מבצע אחת עשרה הנקודות'.

סיפור ההתיישבות בדרום בשנות החמישים סופר בדרכים רבות ונחקר אקדמית באמצעות מתודות שונות. בישובים רבים יש אתרי זיכרון וארכיונים. בחלקם גם מוזיאונים קטנים המספרים את סיפור המקום. אולם עד כה לא הוקם מוזיאון לתולדות כלל ההתיישבות בדרום בשנות החמישים, המספר את סיפור שיבת ציון החדשה עם בואם של יהודים משלוש יבשות למדינה.

'המוזיאון הישראלי לתולדות ההתיישבות בפריפריה הדרומית של ישראל' מבקש למלא את החסר באמצעות תערוכות שיציגו  את ההיסטוריה של כלל ההתיישבות; את תוכניות הממשלות שהקימו את 'מדינת הדרום'; השקעות המדינה בהקמת ישובים; תשתיות כלכליות ותעבורתיות אל הנגב.