למושג ביטחון יש הגדרות רבות. המכון הישראלי למחקר ופיתוח הפריפריה בחר לעסוק רק בהגדרה אחת והיא האפשרות לחיות ללא חשש מפני אויבים על רקע לאומני. בהתאם להגדרה זו בכוונת המרכז לביטחון לעסוק במדיניות הביטחון וההגנה של ישראל בפריפריה בשני היבטים. ההיבט ההיסטורי של מדיניות הממשלות עד השבעה באוקטובר 2023. ההיבט ההיסטורי יבדוק אירועים ביטחוניים בעלי משמעות מקומית; מלחמות; הקמת בסיסי צה"ל בפריפריה; הקמת גדר הביטחון בעוטף עזה; המעברים בין עזה לישראל; השקעות המדינה בביטחון התושבים; ועבריינות בעלת גוון לאומני נגד החקלאות ונגד רכוש פרטי וציבורי. ההיבט האקטואלי הוא מדיניות הביטחון לאחר מלחמת חרבות ברזל. המרכז לביטחון יבדוק את מדיניות והשקעות הממשלה בביטחון הגבול בנגב המערבי.

המרכז לביטחון יפתח מודלים לתפיסת ביטחון של פריפריה אזרחית ליד גבול עוין.